Egy olyan intézkedés, ami a mikroorganizmusok (baktériumok, vírusok, gombák, véglények) elpusztításán, inaktiválásán vagyis eltávolításán keresztül a kórokozók számát legalább öt tízes hatvánnyal csökkenti, így a fertőtlenített anyagról már nem kerülhetnek ki fertőzések. A fertőtlenítés nem helyettesíti a sterilizálást, ez csak a sterilitáshoz vezető első lépcsőfoknak felel meg.